八百里皖江是我国湖泊、河网密集分布区之一，经济快速发展、人口增长和工农业污水排放使得流域内水环境问题较为突出。皖江流域也是我国矿山开采的重要地区之一，多年的开采形成了尾矿区及其伴生的农田重金属污染问题。皖江流域内退化生态系统结构和功能的恢复亟需通过整合国内外高校、科研院所和企业的力量，在地方政府的支持下，借助生态学、环境学和地质学等手段予以实现。

2011-2013年，在教育部实施“高等学校创新能力提升计划”（又称2011计划）、教育部和安徽省共建安徽师范大学之际，安徽师范大学作为牵头单位，联合7家协同单位组建了“皖江城市带退化生态系统的恢复与重建协同创新中心”，并于2013年经安徽省教育厅批准立项建设。中心的定位是面向安徽区域发展需要，为安徽省生态强省建设贡献人才智力、提供技术支撑。

为响应习近平总书记在深入推动长江经济带发展座谈会上的重要讲话精神，以“生态优先、绿色发展”为根本目标，由安徽师范大学牵头申报了“皖江流域退化生态系统的恢复与重建省部共建协同创新中心”，并于2019年9月由教育部批准立项建设。

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