2020年8月，中心围绕主要研究方向，发布了《皖江流域退化生态系统的恢复与重建省部共建协同创新中心2020年度开放课题申请通知》、《皖江流域退化生态系统的恢复与重建省部共建协同创新中心开放课题设置和管理暂行办法》。中国科学院水生生物研究所、中国科学院南京地理与湖泊研究所、中国科学院南京土壤所、南京农业大学、安徽理工大学、安徽工程大学、安徽水韵环保股份有限公司等中心协同单位、我校生态与环境学院和地理与旅游学院等10多家单位申报了首批开放课题。根据校外专家函评意见，最终立项开放课题共31项，其中重点项目5项，一般项目20项，自筹经费项目6项。中心办公室发放了课题立项通知、制作了经费使用卡、与课题负责人签订了课题协议。立项的重点和一般项目从2021年4月起正式给予经费资助，资助周期为3年。

2022年4月中下旬，中心启动了首批开放课题年度进展的检查工作。对照课题申请书，中心办公室逐一审核了每项课题的年度研究进展和经费使用情况，对每项课题给予了年度进展审核意见，撤销了一项课题的研究计划。截止目前，中心首批开放课题研究进展顺利，一年来共发表研究论文60余篇，其中SCI一、二区论文20余篇；申请发明专利近10项。后续中心将持续给予经费资助，做好相关课题研究的服务工作，适时启动第二批开放课题的申报和评审等工作。