近日,中心团队联合中国科学院动物研究所、钱江源国家公园管理局及北京林业大学首次破译锥栗冠绵蚧Coronaproctus castanopsis这一重要林业害虫的基因组,该成果于2月17日以“A chromosome-level genome assembly of the forestry pest Coronaproctus castanopsis”为题发表在Scientific Data期刊(中科院二区,IF=9.8),中心黄羿鑫副教授为论文第一作者。
锥栗冠绵蚧隶属于半翅目绵蚧科冠绵蚧属,是在钱江源国家公园发现的一新物种,对国家公园内甜槠、米槠林造成严重危害。为探明锥栗冠绵蚧的基因组特征,探究其危害的分子机制,本研究结合二代、三代基因组测序技术及Hi-C辅助技术,首次完成了锥栗冠绵蚧的染色体水平基因组组装。结果显示,锥栗冠绵蚧基因组大小为700.81Mb,scaffold与contig数量分别为53和161,scaffold N50与contig N50长度分别为273.84和12.37 Mb,有98.32%的基因定位在三条染色体上。其中二代survey、二代RNA、三代RNA以及三代Hifi数据回帖率分别达97.84%、96.15%、97.96%和99.33%,基因组组装BUSCO评估完整性为91.2%,以上指标均说明锥栗冠绵蚧基因组组装无论是在连续性、完整性上都达到很高的水准。
目前世界上已知8520余种蚧虫,其中绝大部分为农、林及花卉业害虫,但Genbank数据库中仅保存有13条蚧总科基因组数据,这严重阻碍了对这一类群的深入研究,本研究结果可进一步丰富蚧虫的基因组数据,并为后续锥栗冠绵蚧的深入研究奠定基础。
图1钱江源国家公园内锥栗冠绵蚧生态照 图2锥栗冠绵蚧基因组Hi-C热图
原文链接:https://doi.org/10.1038/s41597-024-03016-6